Ang (Un) karaniwang Suspek ng Bat-pinagmulan Novel Coronavirus

A kamakailang pag-aaral kinikilala ang nobelang coronavirus na responsable para sa epidemya ng pulmonya sa lalawigan ng Hubei ng Tsina—Ang bat-origin virus ay nauugnay sa iba pang kilalang pathogenic coronavirus

Ang 2019 ang nobela coronavirus (CoV) ay nagdudulot ng nakamamatay na pulmonya na naitala na higit sa 1300 buhay, na may higit sa 52000 kumpirmadong mga kaso ng impeksyon ng Pebrero 13, 2020, lahat sa loob ng higit sa isang buwan. Ngunit, ano ang virus na ito? Ito ba ay isang bagong virus nang kabuuan? Saan ito nagmula? Ang mga siyentista mula sa nangungunang mga institusyon ng pananaliksik sa Tsina ay nagtulungan upang sagutin ang mga katanungang ito, at ang paunang pag-aaral na ito ay na-publish sa Chinese Medical Journal.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

Noong unang bahagi ng Disyembre, ang ilang mga tao sa lungsod ng Wuhan sa lalawigan ng Hubei ng Tsina ay nagsimulang magkasakit matapos ang pagpunta sa isang lokal na merkado ng pagkaing-dagat. Naranasan nila ang mga sintomas tulad ng pag-ubo, lagnat, at igsi ng paghinga, at maging ang mga komplikasyon na nauugnay sa talamak na respiratory depression syndrome (ARDS). Ang agarang pagsusuri ay pneumonia, ngunit ang eksaktong dahilan ay hindi maipaliwanag. Ano ang sanhi ng bagong pagsiklab na ito? Ito ba ang matinding talamak na respiratory respiratory syndrome (SARS) -CoV? Ito ba ang Middle East respiratory syndrome (MERS) -CoV? Tulad ng ito ay lumabas, ang mga siyentista ay nagsagawa ng isang pag-aaral upang makilala ang virus na ito noong Disyembre matapos ang pagsusuri ng unang ilang mga kaso. Ang pag-aaral na ito ay nai-publish na ngayon sa Chinese Medical Journal at ang pagkakakilanlan ng virus ay naitatag na — ito ay isang ganap na bagong virus, malapit na nauugnay sa paniki na tulad ng SARV na CoV. Si Dr. Jianwei Wang (Chinese Academy of Medical Science, Institute of Pathogen Biology), pinuno ng mananaliksik sa pag-aaral, ay nagsasaad, "Itinatag ng aming papel ang pagkakakilanlan ng bat-origin na CoV na hindi alam hanggang ngayon."

Sa pag-aaral na ito, magkasamang natuklasan at kinilala ng mga siyentipiko mula sa mga kilalang institute ng pananaliksik sa Tsina, tulad ng Chinese Academy of Medical Science, Institute of Pathogen Biology, China-Japan Friendship Hospital, at Peking Union Medical College, ang bagong CoV-ang pangunahing salarin ng ang Wuhan pagsiklab-sa pamamagitan ng susunod na henerasyon ng pagkakasunud-sunod (NGS). Nakatuon sila sa limang pasyente na inamin sa Jin Yin-tan Hospital sa Wuhan, na ang karamihan ay mga manggagawa sa Huanan Seafood Market sa Wuhan. Ang mga pasyenteng ito ay may mataas na lagnat, ubo, at iba pang mga sintomas, at sa una ay na-diagnose na mayroong pneumonia, ngunit sa hindi alam na dahilan. Ang ilang kalagayan ng mga pasyente ay mabilis na lumala sa ARDS; namatay pa ang isa. Sinabi ni Dr Wang, "Ang mga x-ray ng dibdib ng mga pasyente ay nagpakita ng ilang malabo opacities at consolidations, na kung saan ay tipikal ng pulmonya. Gayunpaman, nais naming alamin kung ano ang sanhi ng pulmonya, at ang aming kasunod na mga eksperimento ay isiniwalat ang eksaktong dahilan—Isang bagong CoV na hindi alam noon."

Para sa pag-aaral, gumamit ang mga siyentista ng mga sample ng likido ng bronchoalveolar lavage (BAL) na kinuha mula sa mga pasyente (BAL ay isang pamamaraan kung saan ang sterile fluid ay inililipat sa baga sa pamamagitan ng isang bronchoscope at pagkatapos ay nakolekta para sa pagtatasa).

Una, tinangka ng mga siyentista na kilalanin ang virus sa pamamagitan ng pagkakasunud-sunod ng genome, gamit ang teknolohiyang NGS. Ang NGS ay ang ginustong pamamaraan ng pag-screen para sa pagtukoy ng mga hindi kilalang mga pathogens sapagkat mabilis nitong nakita at nalalabasan ang lahat ng kilalang mga pathogenic microorganism sa sample. Batay sa pagkakasunud-sunod ng DNA / RNA mula sa mga sample ng likido ng BAL, natagpuan ng mga siyentista na ang karamihan sa mga nabasa na viral ay kabilang sa pamilyang CoV. Pinagsama-sama ng mga siyentista ang iba't ibang mga "nagbasa" na pagmamay-ari ng CoVs at nagtayo ng isang buong pagkakasunud-sunod ng genomic para sa bagong virus; ang mga pagkakasunud-sunod na ito ay 99.8-99.9% na katulad sa lahat ng mga sample ng mga pasyente, na kinukumpirma na ang virus na ito ang karaniwang pathogen sa lahat ng mga pasyente. Dagdag dito, gamit ang pagtatasa ng homology, kung saan ang isang pagkakasunud-sunod ng genome ay inihambing kumpara sa iba pang mga kilalang pagkakasunud-sunod ng genome (na may paunang itinakdang threshold na 90% para maituring itong isang "bago" na pagkakasunud-sunod), nakumpirma nilang ang pagkakasunud-sunod ng genome ng bagong virus ay 79.0% katulad sa SARS-CoV, halos 51.8% na katulad sa MERS-CoV, at halos 87.6-87.7% na katulad sa iba pang mga tulad ng SARS na CoV mula sa mga Chinese bat ng kabayo (tinatawag na ZC45 at ZXC21). Ipinakita ng pagsusuri ng phloglogetic na ang mga pagkakasunud-sunod ng limang mga CoV na nakuha na kalakal ay pinakamalapit sa mga pinagmulan ng paniki ng bat, ngunit bumuo ng magkakahiwalay na mga sangay ng ebolusyon. Ang mga natuklasan na ito ay malinaw na nagmumungkahi na ang virus ay nagmula sa mga paniki. Sinabi ni Dr Wang, "Dahil ang mga pagkakapareho ng viral replicase gene sa lahat ng iba pang kilalang mga "magkatulad" na mga virus ay mas mababa pa rin sa 90%, at isinasaalang-alang din ang mga resulta ng pagsusuri sa filogetic, isinasaalang-alang namin na ito ay talagang bago, dati nang hindi kilalang CoV. Ang bagong virus na ito ay pansamantalang tinatawag na 2019-ncov."

Panghuli, lumipat ang mga siyentista sa "ihiwalay" ang virus mula sa mga sample ng likido ng BAL sa pamamagitan ng pag-check kung ang mga sample ng likido ay nagpakita ng cytopathic na epekto sa mga linya ng cell sa laboratoryo. Ang mga cell na nakalantad sa mga sample ng likido ay sinusunod sa ilalim ng isang electron microscope, at natagpuan ng mga siyentista ang mga katangiang tulad ng CoV na istraktura. Gumamit din sila ng immunofluorescence-isang diskarteng gumagamit ng mga tukoy na antibodies na naka-tag sa mga fluorescent dyes. Para sa mga ito, gumamit sila ng suwero mula sa mga gumagaling na pasyente (na naglalaman ng mga antibodies), na tumutugon sa mga viral na butil sa loob ng mga selyula; nakumpirma nito na ang virus na ito talaga ang sanhi ng impeksyon.

Ang pag-aaral na ito ay nagbibigay daan para mas maintindihan ng mga pag-aaral sa hinaharap ang virus at ang mga mapagkukunan nito, lalo na ang mabilis na pagkalat nito, ang kakayahang maging sanhi ng nakamamatay na ARDS, at ang gulat na sanhi ng pagsiklab. Bagaman ang 4 sa 5 mga pasyente kung saan nakilala ang virus na ito ay mula sa isang seafood market sa Wuhan, ang eksaktong pinagmulan ng impeksyon ay hindi alam. Ang CoV ay maaaring maipadala sa mga tao sa pamamagitan ng isang "intermediate" na carrier, tulad ng sa kaso ng SARS-CoV (palm civet meat) o MERS-CoV (camel). Nagtapos si Dr Wang, "Ang lahat ng mga tao ng CoV ay zoonotic, at maraming mga tao na CoV ay nagmula sa mga paniki, kasama na ang mga SARS- at MERS-CoVs. Malinaw na ipinapakita ng aming pag-aaral ang kagyat na pangangailangan para sa regular na pagsubaybay sa paghahatid ng mga Bat-origin na CoV sa mga tao. Ang paglitaw ng virus na ito ay isang malaking banta sa kalusugan ng publiko, at samakatuwid, kritikal na kahalagahan na maunawaan ang pinagmulan ng virus na ito at magpasya sa mga susunod na hakbang bago namin masaksihan ang isang mas malaking scale scale ng pagsiklab.. "